Bu arsada futbol oynadıklar bir gün yağmurun çiselemesi üzerine bir zeytin ağacının altına sığınan gençler,azınlıkların futbol sahasındaki egemenliğine başkaldırı hareketi olarak kendi kulüplerini kurmaya karar verdiler ve 1 Kasım 1912 (1328) tarihinde Karşıyaka Mümaresei Bedeniye Kulübü'nü yani bugünkü adıyla Karşıyaka Spor Kulübü'nün kuruluşunu gerçekleştirdiler.[1] Kuruluş aşamasında altı genç ile birlikte Hüsnü Tonak, Tahir Bor, Fevzi Fikri Altay ve Sezai Çullu'da yer almıştır. Bu tarihten 1914'te Altay'ın kuruluşuna kadar Karşıyaka, İzmir'deki tek Türk spor kulübü idi.
Karşıyaka’nın tarihindeki ilk on biri Kaptan Raşit Kadızade, Suat Karşıyaka, Refik Civelek, Kaleci Salih, Çakır Kemal, Örnekköylü Hüseyin, İtalyan Hanri Barter, Kemal Paşalı Sarı Ali, Muharrem Hüsamettin ve Zühtü Işıl’dan oluşmaktaydı. Kurulan bu takım, Birinci Dünya Savaşı ve Kurtuluş Savaşı'na kadar yabancılarla birçok çekişmeli maç oynamıştır.
Karşıyaka Spor Kulübü, kuruluşundan Kurtuluş Savaşı’na kadar geçen sürede hiçbir maçta yenilmemiş, İtalyan ve Yunan şampiyonlarını birçok kez yenerek bu kulüplerin kapatılmasına sebep olmuştur.
Karşıyaka Kulübü'nün bir numaralı üyesi ve kurucusu olan Kadızade Zühtü Işıl, I. Dünya Savaşı ve Milli Mücadele'de 8 yıl birçok cephede savaşmış, hatta Filistin cephesinde “Kanal Harekatı” sırasında İngilizler'e esir düşmüştür.
Kurtuluş Savaşı yıllarında İzmir'in çoğunluğunu Rum, Fransız ve diğer yabancılar oluştururken, Karşıyaka ise Türklerin yoğun yaşadığı bir yerleşim birimiydi. Bugün için söylenen "Biz Karşıyakalıyız" ifadesi de Türklerin Anadolu'ya geçerken kendilerini tanıtmak için kullandığı bir parolaydı. Bu parola ile "Biz Türküz" denilmektedir.
Santrafor olarak oynayan eski Başbakanlardan Adnan Menderes'in de bulunduğu takım Kurtuluş Savaşı’na katılarak birçok cephede savaşmıştır. İzmir’e ilk giren Türk kuvvetleri içinde Karşıyakalı bazı sporcular da bulunmaktaydı.
Mustafa Kemal Atatürk İzmir'in yeniden Türk kuvvetlerinin kontrolü altına girdiği gün geceyi Karşıyaka'daki bir köşkte geçirmiştir.
O yıllarda İzmir’de Göztepe, Altınordu,İzmirspor ve Bucaspor gibi kulüpler henüz kurulmamıştı. Karşıyaka ile birlikte tek Türk takımı Altay idi.[kaynak belirtilmeli]13 Ekim 1925 tarihinde kulübü ziyaret eden Mustafa Kemal Atatürk kulübün şeref defterine şu satırları yazmıştır: "Karşıyaka Spor Kulübü'nde karşı karşıya bulunduğum gençlik iftihara çok şayandır. Bu gençlik muvacehesinde istikbalin kuvveti, saadeti ne bariz görülmektedir."
Karşıyaka 1926 yılında İzmir şampiyonu olmuştur. Bu şampiyonluktan sonra 24 Haziran 1926 tarihinde Atatürk’ün kulübe ikinci ziyareti gerçekleşmiştir. İsmet İnönü ve Fahrettin Altay ile kulübü ziyaret eden Atatürk, Karşıyaka Spor Kulübü’nün cepheden döndükten sonra yeniden kurmuş olduğu takımı ile İzmir Ligi’nde yabancı rakipleri ile yaptığı mücadele sonucunda hiç gol yemeden şampiyon olduğunu öğrenmiş ve bunun üzerine kulübün ambleminde ay-yıldız kullanılmasını istemiştir.[kaynak belirtilmeli]
Bu ziyaretinde de şeref defterine şunları yazmıştır: "Bu defa ki ziyaretimde geçen aylarda masarrıf ve mesai hizmetin kıymetli asarını gördüm. Teşekkür ve tebrik ederim."
1937'de arasında dönemin İzmir Valisi Fazlı Güleç'in zorlaması sonucu Yamanlarspor adıyla Bornovaspor'la birleşti. Bu birleşme 1944'e kadar devam etti. 1951-1959 yılları arasında 8 amatör branşta İzmir şampiyonluğu elde eden Karşıyaka 17 branşta faaliyette bulunan tek spor kulübüdür.[kaynak belirtilmeli]
"Kaf Sin Kaf" ise Osmanlıca'daki "ﻕ ﺱ ﻕ"(K S K)'den gelmektedir.
Karşıyaka Spor Kulübü günümüzde 9 branşta faaliyetlerini sürdürmektedir.